Flora

Pod względem siedliskowym Puszcza Niepołomicka składa się z dwu znacznie różniących się od siebie kompleksów:

- kompleks większy - tworzy właściwa Puszcza, położna na południu, między rzeką Drwinką a linią kolejową z Krakowa do Bochni. Składa się z wszystkich typów borów (mieszanego, sosnowego - świeżego i suchego, bagiennego - koło Baczkowa), olesów oraz małych fragmentów lasu liściastego. Lite bory sosnowe zajmują ponad 80% całego kompleksu, z bardzo małą domieszką brzozy pochodzenia naturalnego oraz dębu i olchy czarnej.

- kompleks mniejszy - obejmuje obszary, położone na północ od Drwinki, nad Wisłą. Jest to kompleks liściasty, częściowo rozwinięty na osuszonych starorzeczach. Występują tu gatunki: dąb, olcha, grab, brzoza, sosna, z niewielką domieszką: lipy, jesionu, wiązu, topoli i świerka.

Na torfowisku Błoto znajduje się najdalej na południowy zachód w Polsce wysunięte stanowisko brzozy niskiej. Do najciekawszych spośród wielu tu występujących roślin bagiennych należy zaliczyć: modrzewicę zwyczajną, żurawinę błotną, wełniankę pochwiwatą oraz częściowo chronione bagno zwyczajne. Rosną również ciekawe gatunki górskie, jak na przykład: przywrotnik prawie nagi, gęsiówka Hallera, przetacznik górski i drzewo - olcha szara.

Fauna

Współcześnie puszcza stanowi ostoje dla zwierzyny i ptactwa. Liczba gatunków ptaków w Puszczy sięga około 175. Najciekawsze z nich: orlik krzykliwy, orlik grubodzioby, błotniak zbożowy, błotniak popielaty, pustułeczka, kobuz, bocian czarny. Do zanikających w skali europejskiej gatunków ptaków, a tu mających swoją ostoję lęgową, należą jeszcze: brodziec samotny, sowa błotna, puszczyk uralski, remiz, czapla czerwona, rybołów, ślepowron, dudek.

Spotkamy tutaj: jelenie, sarny, dziki, lisy, borsuki, kuny, przejściowo łosia i wilka. Spośród gadów i płazów Puszczę przemierzają m.in. żmije zygzowate, zaskrońce zwyczajne, padalce, salamandry plamiste, jaszczurki zwinki, żaby, ropuchy.