W obrębie Puszczy wydzielono 6 rezerwatów florystycznych z fragmentami lasu pierwotnego, które zajmują łączną powierzchnię około 100 ha:

•  rezerwat Lipówka - podlega ochronie ścisłej - ochrona i zachowanie naturalnego starodrzewu o charakterze puszczańskim. Rezerwat Lipówka jest to rezerwatem ścisłym, utworzonym w dniu 24 grudnia 1957 roku na powierzchni 25,46 ha, jako drugi pod względem wielkości - po "Gibieli" w Puszczy Niepołomickiej. Położony jest w Lesie Grobla (Lesie Ispina). Rezerwat obejmuje najstarszy w Lesie Grobla, wielogatunkowy drzewostan w wieku 170 - 200 lat. Duże wrażenie czyni puszczański charakter lasu, powyrywane z korzeniami kłody i liczne wykroty. Stosunkowo dobry stan zachowania rezerwatu jest wynikiem ochrony tej części Puszczy na wiele lat przed oficjalnym uznaniem jej za rezerwat. Przeważają w nim różne odmiany grądu niskiego i wysokiego, miejscami występuje łęg olchowy i ols. Główne składniki drzewostanu tworzą: lipa drobnolistna, dąb szypułkowy, grab zwyczajny i olcha, a domieszki stanowią: sosna zwyczajna oraz wiązy - pospolity i szypułkowy (limak). Wiele dębów, lip i grabów ma charakter pomnikowy. W runie licznie występują: ziarnoplon wiosenny, niecierpek pospolity, podagrycznik pospolity, zawilec gajowy, a na wyróżnienie zasługują: kokorycz pusta, złoć zółta i przetacznik bluszczykowy. Do rzadkich gatunków należy midunka miękkowłosa, do reliktowych górskich: starzec Fuchsa, gęsiówka Hallera i przetacznik górski, a do całkowicie chronionych - kruszczyk siny. Spośród większych ssaków w "Lipówce" występuje dzik, jeleń i sarna, a swe legowiska ma borsuk, sporadycznie zaś lis. Liczne są wiewiórki - ruda i ciemnobrunatna,występuje orzesznica, czasem pojawia się gronostaj. Z ptaków można wyróżnić puszczyka, pójdźkę, liczne dzięcioły, w tym czarnego oraz częstą muchołówkę białoszyją i grubodzioba. Ogólnie biorąc, środowisko przyrodnicze w rezerwacie nosi cechy naturalne, zbliżone do pierwotnego. Wśród wszystkich rezerwatów w Puszczy niepołomickiej, "Lipówka" przedstawia największa wartość przyrodnicza a w skali Polski należy do najcenniejszych.

•  Dębina - podlega ochronie ścisłej - ochrona pozostałości fragmentów dawnej puszczy, starodrzew dębowy

•  Długosz Królewski - podlega ochronie częściowej - ochrona naturalnych stanowisk występowania paproci Osmunda regalis

•  Gibiel - podlega ochronie częściowej - zachowanie fragmentów dawnej puszczy, uroczysko leśne (wiele starych dębów i sosen, niektóre z nich stanowią pomniki przyrody)

•  Koło - podlega ochronie częściowej - zachowanie fragmentów dawnej puszczy, starodrzew gradowy z udziałem lipy

•  Dębina - podlega ochronie ścisłej - ochrona pozostałości fragmentów dawnej puszczy

•  Wiślisko Kobyle - podlega ochronie częściowej - starorzecze Wisły stanowiące miejsce łęgowe dla wielu chronionych gatunków ptactwa z bogatymi zbiorowiskami roślinnymi, zaobserwować tu można strefowy układ roślinności.

W pobliżu gajówki Poszyna istnieje izolowany od otoczenia, założony w 1936 roku Ośrodek Hodowli Żubrów. Ten ścisły rezerwat jest jednym z najciekawszych miejsc w Puszczy. Pierwszą parę żubrów przywieziono tu jeszcze przed drugą wojną światową z Białowieży. Na początku ośrodek był otwarty dla zwiedzających, a nawet wybudowano tu specjalną wieżę widokową, z której można było prowadzić obserwacje. W czasie II wojny światowej-hitlerowscy okupanci żubry wywieźli, ale po wojnie część z nich udało się odnaleźć i przywrócić hodowlę tych wspaniałych "królewskich" zwierząt. Jednakże w 1954 roku z powodu wybuchu pryszczycy ośrodek został zamknięty dla odwiedzających i tak pozostało do dziś. Obecnie za ogrodzeniem na obszarze 60 ha żyje około 30 żubrów. Ostoja żubrów znajduje się w głębi Puszczy. Teren ten otoczony jest wysokim murem. Zwierzęta żyją w warunkach zbliżonych do naturalnych i pod troskliwą opieka rozmnażają się znakomicie. Nadwyżki przychówku wędrują do wielu ogrodów zoologicznych w kraju i na świecie. Pojazdy mechaniczne mogą dojechać tylko do gajówki Przyborów, skąd do Poszyny jest jeszcze ok. 3 km.